招标时甲方的清单存在工程量虚高，审计数额低于中标价怎么办

这个现象是正常的，工程造价是由工程量和工程单价组成，你的问题主要在于工程量方面。
招标前的工程量产生是由招标公司和设计院两道计算得出清单。
工程审计是由审计公司和施工单位两道计算得出最终审计报告，第一，四家单位这年头都是软件计算，出现误差很正常，第二，实际发生量肯定小于等于设计图纸工程量（设计变更除外），所以这个现象无法避免。
这个工程量的差的问题是正常情况下，主要影响的是二次审计或者审计费的问题。
一般工程都是两次审计及以上，当你进行第二次审计的时候，因为经过第一次审计后很多工程量都减少了，第二次的审计结果肯定是小于等于第一次结果（原因是什么就不跟你说了），说白了工程量就是越审越少，影响到的是最后结果。
审计费一般合同里有规定的，审减额超过百分之多少（具体多少看合同，15%左右比较普遍），审计费由施工单位承担。
所以最终影响的是工程量、审减额和审计费。
为了防止这种情况建议你单位根据现场实际发生的工程量编制工程审计申请报告，不要按设计图纸和招标清单编制